Башни имеют мощные фундаменты, уходящие на треть под землю.
В 1870-х годах грунт возле Троицкой башни провалился, но обследование началось только в 1894 году.
Археолог Николай Щербатов обнаружил четыре палаты, соединенные коридорами, и человеческие останки, что указывает на использование подземелий как тюрем.