В июне 1941 года Менгеле отправили на Украину, где он получил Железный крест второй степени.
В январе 1942 года его назначили в медицинский отряд дивизии СС «Викинг», где он был награждён Железным крестом первой степени за спасение двух раненых танкистов.
В конце 1942 года его перевели в центральный аппарат Главного управления СС по делам расы и поселений, что позволило ему вернуться к научной работе.
Менгеле мечтал стать профессором после войны и проводил научные исследования в лаборатории при крематории номер два в Биркенау.
Он изучал близнецов, переливал им кровь, вводил возбудитель тифа и ампутировал органы, чтобы увидеть разницу в их реакции на одно и то же вмешательство.
Результаты опытов пересылались в Берлин научному руководителю Менгеле.
Нацистов разделили на пять категорий: главные виновники, увлечённые в преступлениях, увлечённые в менее значительных преступлениях, попутчики и оправданные.
Многие нацисты бежали в Латинскую Америку или на Ближний Восток, где их принимали охотно.
Холодная война спасла многих нацистов от наказания, позволив им обжиться в США, Англии, Канаде и Австралии.